طبق ماده 21 اساسنامه انجمن،هیئت امنا متشکل از 45 نفر به انتخاب همه اعضای مجمع خواهد بود که برای مدت چهار سال از سه گروه تولید کنندگان، خدمات و صادرکنندگان با ترکیب زیر انتخاب می شوند:
* هفده نفر از گروه تولیدکنندگان
* یازده نفر از گروه خدمات
* هفده نفر از گروه صادرکنندگان
وظایف هیئت امنا انجمن به شرح زیر می باشد:
* انتخاب هیئت مدیره انجمن از بین هیئت امنا انجمن؛
* بررسی و تصویب صورت های مالی انجمن و تفریغ بودجه سالیانه انجمن جهت ارائه به مجمع عمومی؛
* انتخاب یک نفر به عنوان بازرس اصلی و یک نفر به عنوان بازرس علی البدل برای مدت یکسال تا بر اساس وظایف خود عمل نمایند. انتخاب مجدد آنان بلامانع است .
* بررسی و اظهار نظر نسبت به گزارش ها و پیشنهادهای هیئت مدیره، دبیر کل و واحدهای تابعه.
* تامین منابع مالی مورد نیاز انجمن که بر اساس پیشنهادهای هیئت مدیره و در چارچوب ماده 9 این اساسنامه صورت خواهد پذیرفت
* قبول استعفاء و عزل اعضای هیئت امنا و هیئت مدیره،